Procesando...Naruto Shippuden 2: Lazos (2008) - Cuando un misterioso grupo de Shinobi realiza un ataque sorpresa sobre Konoha, la villa queda en ruinas después del ataque. Hasta entonces surge la posibilidad de que otra guerra shinobi pudiera desatarse. Mientras tanto, Sasuke -que abandonó a Kanoha para vengar a su clan por la muerte de su hermano Itachi- reaparece con sus amigos por segunda vez. Quinta película basada en el manga/anime Naruto, y segunda dentro de la línea argumental Shippûden.
Naruto Shippuden 4: La torre perdida (2010) - ¡¡Naruto atraviesa el espacio y el tiempo para encontrarse con el Cuarto Hokage, Namikaze Minato!!. ¡Un gran poder es desatado! ¡¡Naruto viaja al pasado!!. Cuarta película basada en Naruto Shippuden.
Naruto Shippuden 3: Los Herederos de la Voluntad de Fuego (2009) - Tercera película basada en el manga Naruto y tercera desarrollada en el arco Shippûden. Cronológicamnte se encuentra situada entre los episodios 72 y 73. La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como es la única aldea que no es afectada por estos sucesos, Konohagakure es señalada como la causante de este incidente, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión. Con las otras naciones traspasando las fronteras del país del Fuego, amenazando con una invasión, el Señor Feudal le ordena a Tsunade capturar al verdadero responsable y probar la inocencia de Konoha; en el caso de fallar, el País del Fuego será forzado a destruir la villa para preservar la paz mundial.
Naruto Shippuden 5: Prisión de Sangre (2011) - Después de ser capturado por el intento de asesinar al líder de Kumogakure, el Raikage, y el asesinato de varios Jonin de Kirigakure e Iwagakure, Naruto es encarcelado en una instalación de contención penal también conocida como la prisión de la sangre. El capitán del castillo, Mui, usa el jutsu de prisión máxima para robar el poder de los prisioneros. La batalla para demostrar su inocencia y descubrir la verdad ha comenzado para Naruto y sus amigos.
